Kuşadası´nın ne zaman ve kimler tarafından kurulduğu kesin olarak bilinmemekte ise de, Kuşadası yakınında Yılancı Burnu denilen yerde, Efes´e bağlı "Neopolis" ismi ile iyonlar tarafından kurulduğu sanılmaktadır.
Şehir daha önce,Pilavtepe eteklerinde, Andızkulesi denilen yerde kurulmuştur.Bir müddet sonra Bizanslılara ait olan bu kıyılara Venedik ve Cenevizliler, ekonomik bakımdan egemen olmuşlardır. Küçükada, Bizanslılar için kıyıları koruyan bir ileri karakol idi.Venedikliler ve Osmanlılar tarafından şehir için önemli bir askeri üs görevini yapan Güvercinada, 1834 yılında büyük bir yenilenme görmüş ve ünlü kalesi yapılmıştır. "Kuşadası" adı bu kaleden gelmektedir.
1954 yılına kadar İzmir ilinin bir ilçesi iken,bu tarihten sonra Aydın iline bağlanmış ve büyük bir gelişim göstermiştir.Yüzölçümü 264 km, Nüfusu 84.056 civarındadır.
Ulaşım güçlükleri nedeni ile Kuşadası; Andızkulesi mevkiinden alınarak bugünkü yerinde "Yeni İskele" adı ile kurulmuştur.
Kuşadası´nın adını verdiği Kuşadası Körfezi ve yakın çevresi,sanat ve kültür merkezleri olarak bilinmektedir ve ilk çağlardan beri birçok farklı medeniyeti barındırmıştır.
M.Ö.3000 yıllarında Lelegler;M.Ö.11.yy.da Aeolyalılar;M.Ö.9.yy.da İyonlar bölgede hakim olmuşlardır. Büyük Menderes ve Gediz Irmakları arasında kalan alan,antik çağlarda "İYONYA"adını alır. Tüccar ve denizci olan iyonlar denizaşırı ticaret sayesinde kısa zamanda zenginleşmişler ve üstün bir politik güce sahip olmuşlardır. Tarih de "iyon kolonileri"adını alan12 şehir kurmuşlardır.
Kuşadası,antik çağlarda Anadolu´nun Akdeniz´e açılan başlıca limanlarından biri idi.O devirde "Neopolis"adı ile anılıyordu.M.Ö.7.yy.da başkentleri Sardes olan Lidyalılar yöreye hakim olmuşlardır.
M.Ö.546´da başlayan Pers hakimiyeti,M.Ö. 334´de Makedonyalı Büyük İskender´in tüm Anadolu´yu ele geçirmesine kadar devam eder. Bundan sonra Anadolu´da Yunan medeniyeti ile yerli Anadolu medeniyetinin sentezi olarak yepyeni bir çağ, yepyeni bir sanat ve kültür anlayışı hakim olur ve bu çağ "Hellenistik Çağ" adı ile anılır.Efes, Milet, Priene ve Didim bu devrin en ünlü şehirleridir.
M.Ö.2.yy da Romalılar yöreye egemen olurlar.Hristiyanlığın ilk yıllarında,Meryem Ana´nın havarilerinden St.Jean´ın Efes´e gelip yerleşmesiyle burası bir dini merkez haline gelir.Miletus da Hristiyanlık çağında Piskoposluk merkezidir. Bizans çağında "Ania" adı ile anılır.Kuşadası,ortaçağda korsanlar tarafından kullanılan bir liman olmuştur. 15.yy.da Venedikliler ve Cenevizliler zamanında zamanın da şehir "Scala Nuova" adını alır.
1186´da 2.Kılıç Aslan´ın bölgeyi Selçuk Devletine katmasıyla Türk egemenliği başlar.Bölge,bu devirde kervan yollarının Ege´ye açılan bir ihraç kapısı olmuştur.
Selçuk Devletinin yıkılmasından sonra bölgede Beylikler devri başlar.Bir süre Aydınoğulları hakim olur.15.yy.da ortalarında Osmanlıların egemenliğine girer.
Kuşadası,1413 yılında 1.Mehmet(Çelebi)tarafından Osmanlı egemenliğine katılmıştır.Bu tarihten sonra,şehir tamamen Türklerin elinde kalmış ve Türklerin yaptığı eserlerle dolmaya başlamıştır.Bunlardan bugünkü Kervansaray ve Kuşadası´nı çeviren surlar,Mehmet Paşa tarafından yaptırılmıştır.
Surlarla çevrili şehre o zaman anacak üç kapıdan girilebilmekteydi.Bu kapılardan bir tanesi, Barbaros Hayrettin Paşa Caddesi ile Kahramanlar Caddesini birbirinden ayırmakta ve üst kısmı bugün Şehiriçi Trafik Bölge Amirliği olarak kullanılmaktadır. Diğer kapılar bugün mevcut değildir.